Dia 27 de junho de 1976, o vôo 139 da Air France originário de Tel Aviv faz uma escala em Atenas. Após a escala, às 12 horas e 30 minutos o avião parte rumo a Paris.  Logo após a decolagem, o vôo é seqüestrado por 2 terroristas palestinos da FPLP (Frente Popular para a Libertação da Palestina) e dois alemães, Wilfried Böse e Brigitte Kuhlmann, do grupo terrorista RZ.

O avião é desviado para a Líbia, onde é reabastecido e uma mulher é libertada ao fingir um aborto. O avião então decola novamente rumando para Entebbe em Uganda. Juntam-se mais 4 terroristas aos sequestradores e eles exigem a libertação de 40 prisioneiros palestinos mantidos em Israel e mais 13 presos do Quenia, França e Suíça. O prazo estabelecido para a troca é 1º de julho.

No dia 30 de junho, os terroristas libertaram alguns passageiros, mantendo presos apenas os que eram judeus ou israelenses, além da tripulação que se negou a sair. Israel negocia com os terroristas um aumento do prazo, que passa a ser até as 14 horas do dia 4 de julho.

Israel começa então a preparar a missão. Os reféns já libertados colaboram com o exército de Israel, descrevendo quantos são os terroristas, como estão posicionados, quais armas possuem além de outras valiosas informações.  Outra vantagem crucial que Israel obtém são as plantas do aeroporto de Entebbe que havia sido construído pela companhia israelense Solel Boneh. Com base nessas informações a operação é montada.

Mais de cem dos melhores soldados, Jeeps, uma mercedes preta e pelo menos quatro aviões são mobilizados para a realização da missão, incluindo uma avião hospital que ficaria esperando no Quênia e um avião para o transporte dos passageiros.

Às 23 horas e 1 minuto, com apenas 1 minuto de atraso do tempo previsto as forças israelenses pousam perto do Lago Vitoria em Entebbe. Desembarcam a Mercedes preto e alguns jeeps com soldados que israelenses, que buscam se fazer passar pelo presidente de Uganda Idi Amin e alguns veículos de escolta. No caminho até o aeroporto, dois soldados de Uganda atentos ao fato de Idi Amin ter trocado seu mercedes preto por um branco pedem que a comitiva pare, ambos soldados acabam mortos. Temendo que a ação seja descoberta os soldados israelenses aceleram o início desta. No aeroporto a ação começa. Os soldados de Israel invadem e com megafones gritam para os reféns se abaixarem. Nas trocas de tiro, 3 reféns e o líder da operação Yonathan Netanyahu(irmão de Binyamin, o Bibi) são mortos, assim como os 7 terroristas.

Após o resgate, os soldados de Israel embarcaram os reféns num avião, no processo soldados de Uganda atiraram contra o avião, recebendo de volta tiros israelenses que mataram diversos soldado ugandenses. Após todos embarcarem, o avião partiu e a operação estava terminada. Dora Bloch que havia sido levada para um hospital em Uganda foi assassinada por ordem de Idi Amin (presidente de Uganda).

Assim, a operação Yonathan foi uma das mais incríveis operações militares da história, sendo um grande êxito do Tzahal e um forte golpe nos grupos terroristas.